Công ty Cổ phần Vận tải biển VINAFCO được chính thức thành lập từ ngày 31/10/2000 với tên gọi Xí nghiệp Vận tải Biển Vinafco, một trong những đơn vị thành viên của Công ty cổ phần VINAFCO. Được Công ty mẹ đầu tư tàu container và giao cho sử dụng, quản lý và khai thác. Ngành nghề hoạt động chủ yếu là kinh doanh khai thác tầu vận tải container chuyên tuyến nội địa Bắc – Nam.

Năm 2006, Xí nghiệp Vận tải Biển Vinafco được chuyển đổi thành Công ty TNHH Vận Tải Biển Vinafco theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh số 0104000315 do Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà nội cấp ngày 16 tháng 01 năm 2006 với mô hình công ty TNHH 1 thành viên  100% vốn của Công ty CP Vinafco

Tháng 4 năm 2011, Công ty chính thức chuyển đổi hình thức hoạt động sang Công ty cổ phần và được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp số 0105275178 do Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà nội cấp ngày 04 tháng 5 năm 2011, với tên gọi “ Công ty Cổ phần Vận tải Biển Vinafco”. Lĩnh vực hoạt động chính của công ty: Vận tải đường biển, Vận tải đường bộ, Kinh doanh khai thác dịch vụ kho bãi; Bốc xếp hàng hóa, Sửa chữa container…